CASE 문을 활용하면 되지 않을까 생각합니다.
UPDATE <테이블명> SET field = CASE WHEN <조건> THEN <적용값> ELSE field END WHERE <조건>
다음 처럼하면 되지 않을까요?
UPDATE table SET column = CASE WHEN A-B < 0 THEN 0 ELSE A-B END WHERE ......